Het duurde tot de tweede helft van de twintigste eeuw voordat de oevers van het IJ permanent met elkaar verbonden waren. Dat lijkt laat, maar Amsterdam verwierf pas in 1877 grond ten noorden van het IJ. Die grond hoorde bij de grenswijziging door de opening van het Noordzeekanaal. In de loop van de twintigste eeuw zorgde de groei van Amsterdam-Noord en van het autoverkeer tot vele serieuze plannen voor een vaste verbinding die uiteindelijk samenkwamen als het ontwerp voor de IJtunnel. In 1955 viel het besluit voor de plek van de tunnel en kon er een begin worden gemaakt met de bouw. Voor de aanleg moesten meerdere gebouwen worden afgebroken. In het centrum waren dit enkele huizen en een deel van het marine-etablissement. In Noord werden fabriekspanden gesloopt.
Tunnelbouw
Tunnelontwerp en tunnelbouw waren in handen van een speciaal hiervoor opgerichte afdeling Tunnelbouw van de gemeentelijke dienst Publieke Werken, in samenwerking met een internationaal consortium van aannemers genaamd COBIJT. De architect Enrico (Hendrik) Hartsuyker (1925-2013) was aangetrokken in een adviserende rol. De tunnel is grotendeels gemaakt door elders gebouwde elementen af te zinken. De delen zijn gefundeerd op heipalen van soms bijna honderd meter lang, die rusten op de derde zandlaag. Het gesloten deel van de tunnelbuis is 1038 meter lang en het diepste punt ligt zo’n twintig meter onder N.A.P.
De letter Y
Ventilatoren, opgesteld in twee ventilatiegebouwen op de IJ-oevers, blazen schone lucht de tunnel in. Bij voltooiing waren de gebouwen dominant aanwezig, inmiddels zijn ze omringd en zelfs verscholen. Wanneer je de gebouwen aan de Meeuwenlaan 9 en de Pietheinkade 2 ziet vallen nog altijd de markante trechtervormige schoorstenen op. Zowel het gebouwen aan de noord als aan de zuidkant van de tunnel kenmerkt zich door de wijdkragende betonnen schoorstenen. Daartussen zit bij beide een vierkanten gebouw geklemd met een enkele kleine vensters. Veel Amsterdammers denken dat in de vier schachten bewust de letter Y is gevormd. maar bij navraag aan de architect, Enrico Hartsuyker (1925-2013), was dit niet het geval. Naar eigen zeggen heeft Hartsuyker puur functionele gebouwen getekend. „Ik heb ze dus niet echt ontworpen, zoals een architect zijn ontwerpen tot stand brengt”, zei hij bij de oplevering van de IJtunnel.
Erfgoedclub Heemschut nam de ventilatiegebouwen in 2019 op in zijn lijst met belangrijke bouwwerken uit de periode 1966-1990.